בתביעת דיבה שהגיש, מכחיש יאיר נתניהו טענה לפיה מאבטחיו במיאמי שמעו אותו "מקלל את צה"ל ללא הרף". אלא שבנו של רה"מ הנאשם בנימין נתניהו לא מסתפק בכך, ומצהיר כי "מעולם לא קילל את צה"ל". על פניו, מדובר בטענה כוזבת.

נתניהו ג'וניור ידוע בלשונו המשתלחת ובסגנונו הארסי, והוא לא חסך את שבטו גם מצבא הגנה לישראל. אפילו לאורך המלחמה פרסם ושיתף נתניהו מסרים שתקפו את הפיקוד הצבאי, הטילו חשדות בבכירי מערכת הביטחון ואף הציגו את הרמטכ"ל כמי שמעורב לכאורה בניסיון הפיכה צבאית.

כבר בנובמבר 2023, סמוך לטבח ה-7 באוקטובר וכשבישראל שררה תחושת איום קיומיות, שיתף נתניהו בחשבון הטלגרם שלו מסרים נגד מפקדי צה"ל והאשים אותם ב"יהירות, שאננות ומסוכנות". בהזדמנות אחרת, כשכוחות צה"ל דרוכים על הגדרות, קידם בנו של ראש הממשלה קונספירציה על "הפיכה צבאית" בהובלת הרמטכ"ל דאז, הרצי הלוי.

ביוני 2024 פרסם נתניהו ג'וניור ציוץ שבו קידם את קונספירציית "בוגדים מבפנים", לפיה בצה"ל התרחשה בגידה ושיתוף פעולה עם חמאס לפני המתקפה ב-7 באוקטובר. "מה הם מנסים להסתיר?", כתב, ובהמשך שאל: "אם לא הייתה בגידה, למה הם כל כך מפחדים שיבדקו גורמים חיצוניים ועצמאיים?". הציוץ לא הסתפק בביקורת על מחדל נקודתי, אלא הטיל חשד בבכירים ובמערכת הביטחון סביב נסיבות מתקפת חמאס.

באוגוסט 2025 תקף נתניהו הבן את הרמטכ"ל החדש, אייל זמיר, והאשים גם אותו בהפיכה צבאית. העילה: ציוץ של פרשן צבאי. "אם מי שהכתיב לך את הציוץ זה מי שכולנו חושבים, מדובר במרד וניסיון הפיכה צבאית שמתאימים לרפובליקת בננות במרכז אמריקה בשנות ה־70. וזה פלילי לחלוטין", קבע הג'וניור.

בספטמבר 2025 פרסם יאיר נתניהו פוסט ובו תמונה ערוכה של הרמטכ"ל לשעבר הרצי הלוי, ראש השב"כ לשעבר רונן בר וראש אמ"ן לשעבר אהרון חליוה, כשהם נראים ישנים במדים. נתניהו כינה אותם "מפקירים" והאשים אותם באחריות לקריסת ישראל ב-7 באוקטובר.

"לנצח נזכור ונזכיר! נלמד את ילדינו מורשתכם הבזויה, ההפקרה שעלתה לנו בחיים ושינוי גורלות של אלפי משפחות", כתב, והוסיף: "כמעט נמחקה לנו המדינה בגללכם! לא נשכח ולא נסלח".