מאז ספטמבר 2021, כאשר מונתה לפרקליטה הצבאית הראשית, האלופה יפעת תומר-ירושלמי דאגה לטיוח פשעי המלחמה והפשעים נגד אנושות שביצעו חיילי וקציני צה"ל בגדה המערבית, ברצועת עזה ובמתקני הכליאה הצבאיים, וביתר שאת מאז פרוץ המלחמה באוקטובר 2023.
היא לא רק מנעה צדק מהקורבנות הפלסטינים, היתה לה גם תרומה משמעותית לביצוע הפשעים: מדיניות החסינות שהיא הובילה ביטלה כל הרתעה כלפי העבריינים ועודדה אותם ואחרים להמשיך בביצועם ולהרחיב את מעגל הקורבנות; בנוסף, כיועצת המשפטית הבכירה של הרמטכ"ל וצה"ל, היא נתנה הכשר חוקי להחלטות ולמדיניות של פשעי מלחמה ופשעים נגד האנושות.
מנגנון הטיוח של האלופה יפעת תומר-ירושלמי עבד כמו שעון שוויצרי, עד המקרה של האסיר הביטחוני ס', ב-5 ביולי 2024. לפי כתב האישום שהוגש בפברואר 2025: החיילים במחנה המעצר שדה-תימן "בעטו בעצור, דרכו עליו, עמדו על גופו, הכו ודחפו אותו בכל גופו, כולל באמצעות אלה; גררו את גופו על הרצפה, והפעילו כלפיו אקדח טייזר (נשק הלם חשמלי) לרבות בראשו; אחד החיילים דקר את העצור בעכוזו באמצעות חפץ חד, אשר חדר בסמוך לפי הטבעת של העצור וגרם לו לקרע בדופן הרקטום שלו, ולאחר מכן חייל אחר פקד על העצור להכניס לתוך פיו אלה; צוין כי לאורך האירוע "זעק העצור זעקות כאב".
מאז פרוץ המלחמה היו עשרות עצורים פלסטינים שנפטרו ב"נסיבות מסתוריות", ורבים שלאחר ששוחררו טענו שעברו עינויים ובחלקם גם עינויים מיניים. הדבר היחיד שהבדיל בינם לבין ס', הינו שאיש סגל בשדה-תימן הבחין בדימום רב על מכנסיו של ס', והוא פונה למרפאה של מתקן המעצר שם הורה רופא על פינויו לבית חולים אזרחי.
לא פעם חיילים וקצינים בצה"ל נמנעים מלהעביר לבית חולים אזרחי עצירים פלסטינים אחרי שהתעללו בהם ועינו אותם. גם אם הם עושים זאת, בחלק מבתי החולים האזרחיים בישראל נותנים לעצירים פלסטינים שצה"ל מביא אליהם רק "מספר זמני", במקום לרשום את תעודת הזהות האמיתית שלהם, כך שקשה עד בלתי אפשרי לאתר את החומר הרפואי מהטיפול שקיבלו, אם רוצים בעתיד להוכיח מה קרה להם.
במקרה של ס', המצב שלו היה חמור מאוד. בוצע בבית החולים ניתוח כירורגי שכלל הטיה של המעי הגס לדופן הבטן והתקנת סטומה, ולאחר שלושה וחצי חודשים הוא עבר ניתוח נוסף להסרת הסטומה.
האלופה תומר-ירושלמי נקלעה למבוי סתום. מדובר בתיעוד מוצק בבית חולים אזרחי. היא לא הייתה יכולה פשוט לפרוץ למערכת המחשב של בית החולים ולמחוק אותו, ולכן היא נאלצה בלית ברירה לפתוח בחקירה. כאשר אותרו עדים וגם סרטון של מצלמת אבטחה מהאירוע, כבר לא הייתה דרך חזרה מבחינתה.
הפרקליטים הצבאיים הראשיים אינם מעניינים בדרך כלל את הציבור והפוליטיקאים בישראל, והם נותרים אלמוניים. לרוע מזלה של תומר-ירושלמי, היא מכהנת בתפקיד דווקא בתקופה בה נתניהו וממשלתו, ומכונת הרעל המשרתת אותם, הכריזו מלחמה על רשויות אכיפת החוק, מתובלת בלאומנות וגזענות. פרשת שדה-תימן נפלה לידיהם כפרי בשל, והפרקליטה מצאה עצמה מככבת בעל-כורחה כמטרה ראשית של המכונה.
ברגע שנפתחה החקירה בעניין התקיפה של ס' האלופה תומר-ירושלמי מצאה את עצמה במוקד הקמפיין, הואשמה בהפקרה של חיילי צה"ל ואף בבגידה ובסיוע לחמאס. כאשר ב-29 ביולי 2024 הגיעו שוטרים צבאיים לבסיס שדה-תימן כדי לעכב לחקירה חלק מהחיילים המעורבים, חברי כנסת מהקואליציה פרצו לבסיס יחד עם פעילי ימין קיצוני כדי לנסות לסכל את המעצר. חלק מהפעילים תקפו פיזית את השוטרים הצבאיים.
ב-6 באוגוסט 2024, העיתונאי גיא פלג חשף בחדשות 12 את הסרטון מהאירוע, שעורר סערה בישראל ובעיקר בעולם. הסניגורים של החיילים החשודים טענו שהסרטון ערוך ודרשו לחקור את ההדלפה. מאחר שמדובר בחקירה חריגה ורגישה, רק למעטים הייתה גישה אליו ולכן הדבר הוביל לשלל תיאוריות קונספירציה, שהתאימו מבחינת התזמון לצרכים של הקמפיין של נתניהו נגד החקירות וההליכים הפליליים של יועציו בפרשת קטאר-נתניהו ובפרשת פלדשטיין-נתניהו.
הקמפיין סביב הדלפת סרטון ההתעללות משדה-תימן ועתירות לבג"ץ הביאו לפתיחתה של בדיקה, כשבתיאום בין היועצת המשפטית לממשלה לפרקליטה הצבאית הראשית, הוחלט שסגנה של האלופה תומר-ירושלמי יוביל אותה. כך הסביר הסגן אל"מ גל עשהאל, בדיון בוועדת החוקה בכנסת שנערך ביום 29 בינואר 2025. בהמשך, היועצת המשפטית לממשלה הודיעה לבג"ץ כי הוחלט שאין טעם להמשיך לבדוק את העניין מאחר שאין אפשרות למצוא את מקור ההדלפה.
לאחרונה, בעקבות בדיקת פוליגרף של דוברת הפרקליטות הצבאית שהייתה מועמדת לקידום, התברר שהאלופה תומר-ירושלמי הייתה מעורבת בעצמה בהדלפה. לאחר שתחילה היא הודיעה שתצא ל"חופשה", הבוקר היא מסרה את מכתב התפטרותה.
במכתבה שפורסם בתקשורת, האלופה תומר-ירושלמי הודתה "אישרתי הוצאת חומר לתקשורת בניסיון להדוף תעמולה שקרית נגד גורמי אכיפת החוק בצבא". כלומר, במשך שנה וחצי שיקרו מטעמה לשופטי בג"ץ, לשופטים בהליכים הפליליים נגד החיילים החשודים ובדיון בכנסת. בהתאם, היא צפויה להיחקר בעצמה בחשד לעבירות של מסירת ידיעה כוזבת לבית המשפט, שיבוש מהלכי חקירה, זיוף ועוד.
כאשר הסיפור החל להיחשף, נראה תמוה שדווקא מי שאחראית על מנגנון הטיוח בצה"ל תדליף סרטון שמחזק את טענות ס' על האלימות והתקיפה המינית שעבר בשדה-תימן, וגם את הטענות שישראל מנהלת מתקני עינויים.
המכתב שלה פתר את ה"תעלומה" – היה לאלופה תומר-ירושלמי חשוב לשמור על תדמיתה בישראל ובצה"ל כ"מטייחת ראשית". היא רצתה לשכנע את הציבור שהיא פתחה בחקירה פלילית נגד חיילי צה"ל בהאשמות חמורות כאלה רק כי לא היתה לה שום ברירה אחרת.
בעוד שבתוך ישראל הפרשה עוד צפויה להתפתח ולהכות גלים, ואולי גם לסייע לראש הממשלה נתניהו בקמפיין הבחירות בטענה שצריך להילחם ב"דיפ-סטייט", מבחינת הקורבנות הפלסטינים והקהילה הבינלאומית המסקנות צריכות להיות חד-משמעיות – אין למדינת ישראל ולרשויות אכיפת החוק שלה שום יכולת לחקור את הפשעים שבוצעו וממשיכים להתבצע כלפי הפלסטינים.