טענות חריפות לריסוק האתיקה המקצועית ב"ידיעות אחרונות" על-ידי הבעלים והעורך האחראי של העיתון, ארנון (נוני) מוזס, עולות מתוך תצהיר שהגיש העיתונאי מרדכי גילת בתביעתו נגד העיתון. בתצהיר, שעיקריו פורסמו בבלוג של רביב דרוקר, מונה גילת שורה של התערבויות גסות מטעם המו"ל בעבודת המערכת העיתונאית של "ידיעות אחרונות" בכלל ובעבודתו שלו בפרט. גילת, שעזב את "ידיעות אחרונות" לפני כשנתיים בטריקת דלת, תובע את "ידיעות" בבית-הדין לעבודה בדרישה לקבל פיצויי פיטורים.
על-פי תצהירו של גילת, ההתערבות בעבודתו החלה בשנת 2001, עם כוונתו לפרסם תחקירים על חשדות לשחיתות של אריאל שרון, שנבחר אז לראש ממשלה אהוד אולמרט, שהיה ראש עיריית ירושלים, ואיש העסקים דודי אפל. לדבריו, המו"ל הורה להצניע תחקיר על הפרשה שנודעה בשם "האי היווני", ביקש להפסיק את פרסום טורו השבועי של גילת בשל לחץ מצד פוליטיקאים, ובמקרה אחר צינזר עיקרי תחקיר שערך גילת על אפל וקשריו עם פוליטיקאים בכירים.
ארנון (נוני) מוזס, הבעלים והעורך האחראי של "ידיעות אחרונות", 14.5.95 (צילום: פלאש 90)
לדבריו, כפי שהם מובאים בתצהיר, נתקל בקשיים לפרסם ידיעות וידיעות המשך על חוזה מיליונים שנחתם בין גלעד שרון, בנו של אריאל שרון, ובין דודי אפל. "המו"ל קיבל החלטה שלא תתפרסם כל ידיעת מעקב. לא חשוב עד כמה המידע המצטבר חשוב ומעניין", טוען גילת. בשנת 2004, מוסיף העיתונאי בתצהירו, פסל מוזס כתבה שהכין על סגירת תיק השוחד נגד אריאל שרון בפרשת "האי היווני".
"התפיסה החדשה שהתפשטה בעיתון בהשראת המו"ל, ארנון מוזס, המעיטה וזילזלה בחומרתן של עבירות מרמה והפרת אמונים (ולפעמים גם שוחד) של נבחרי ועובדי ציבור ועברייני צווארון לבן, ודחפה להוצאתן מההגדרה הפלילית לצורך המעטה בחומרת מעשיהם", נכתב בתצהיר. "קלות הפסילה, הצנזורה וההכתבה בנושאים הללו הפכה למדרון חלקלק והגבירה עד מהרה את תדירות ההתערבות והפסילות גם בנושאים אחרים מסיבות רבות ומגוונות".
לפי תצהירו של גילת, התערבותו של המו"ל בתוכני העיתון לא היתה רק בהצנעה של חומרים וגניזת מאמרים ותחקירים ביקורתיים נגד מקורביו. העיתון וכותביו גויסו לפרסם רשימות התומכות באישים שהמו"ל חפץ ביקרם. לאחר שהוגש כתב אישום נגד חיים רמון, טוען גילת, גויסו כתבים בעיתון לטובת השר, המיודד עם המו"ל. "לבוש[ת]י לא העזתי לכתוב נגד רמון לאורך משפטו ולהגן על מי שמוזס כיוון את חִצי העיתון אליהם", כותב גילת בתצהירו, ורומז כי פיטוריו של הפובליציסט ב. מיכאל נבעו מכך שהעז להתבטא מעל דפי העיתון בביקורתיות נגד רמון ונגד שר המשפטים לשעבר דניאל פרידמן.
לדברי גילת, כניסתו של שילה דה-בר לתפקיד העורך הראשי במקומו של רפי גינת החריפה את הצרת צעדיו בעיתון. כמעט שלא הוזמנו מאמרים פרי עטו, וידיעה בלעדית על החלטת פרקליט המדינה לפתוח בחקירה נגד אולמרט בפרשת מרכז ההשקעות לא זכתה לכותרת הראשית בגיליון שבו פורסמה. במקומה פורסמה כותרת ראשית שעסקה בענייני צרכנות: "חגיגת קניות - עלייה חדה במכירת מוצרי חשמל, מדיחי כלים, מייבשי כביסה, אופנועים ומכוניות".
מרדכי גילת כתב ב"ידיעות אחרונות" למעלה מ-30 שנה וצבר מוניטין כעיתונאי חוקר. כאמור, בתחילת שנת 2008 עזב את העיתון והצטרף ל"ישראל היום", שם הוא מפרסם מדור שבועי וכתבות תחקיר. לאחר שהגיש תביעה לבית-הדין לעבודה, הוגשה נגדו תביעה נגדית שבה נטען כי לקח בלא רשות אלפי קלטות ומסמכים ממחסני "ידיעות אחרונות" ועשה בהם שימוש לצורך הכנת כתבות ב"ישראל היום".
לא ניתן היה לקבל הערב את תגובת "ידיעות אחרונות".