"אני הייתי שלוש שנים עורך 'ידיעות אחרונות'", אמר בשבוע שעבר רפי גינת בראיון לערוץ 10, "והיו הרבה התלבטויות כאלה, לא האם להעלות בדרך כלל, אלא איך, באיזה גודל ובאיזה עמוד. אני לא זוכר שפסלתי משהו".
כיוון שחלף למעלה מעשור מאז פרש גינת מתפקיד עורך "ידיעות אחרונות", אפשר שהזיכרון מתעתע. מזל שיש ארכיון. לפי תביעה שהגיש בזמנו עורך בכיר שעבד תחת גינת, והיה אחראי על החומרים היותר נפיצים שהתפרסמו בעיתון, מבחן הפרסום לא היה בהכרח המבחן הקובע למידת היושרה והאתיקה של העיתון ושל העורך הראשי.
בזמן שגינת ערך את "ידיעות אחרונות" היה ניר בכר עורך "7 ימים", מוסף הדגל של העיתון. היחסים בין השניים היו רעועים והסתיימו בפיצוץ. לאחר שגינת פיטר את בכר הגיש העורך המפוטר תצהיר ובו גולל את גרסתו לתהליך שהוביל לסילוקו מהעיתון. בכר הודה במהלך שימוע שנערך לו כי כתבות שלא נשאו חן בעיני גינת פורסמו לבסוף, אולם לפי תיאוריו, ההתנהלות הפסולה של גינת והניצול לרעה של סמכותו כעורך ראשי באה לידי ביטוי באופנים אחרים: בהצנעה של פרסומים, בהערמת קשיים על פרסומים, בעיכוב של פרסומים ותזמון מסרס שלהם, בהזמנת כתבות מגמתיות וגם בהוראות כלליות במה כלל לא לעסוק.
לדברי בכר, גינת דרש ממנו בין היתר לא לעסוק במכרז הזיכיון על ערוץ 2, שבו השתתפה חברת רשת, עד אז בבעלות חלקית של "ידיעות אחרונות" ומי ששידרה את "כלבוטק" בהגשת גינת – ומנגד ניסה לצמצם את העיסוק בתוכניות הטלוויזיה של המתחרה קשת. בנוסף טען בכר כי גינת ביקש ממנו לא לשבץ ככתבת שער תחקיר על חשדות לשחיתות של אריאל שרון ובנו, ובמקרה אחר עיכב במשך שבועות רבים פרסום תחקיר על הקשרים בין שרון למרטין שלאף.
עוד טען בכר כי תחת גינת זכתה שרת התקשורת דאז דליה איציק לסיקור מגונן ב"ידיעות אחרונות". בכר כלל בתצהירו גם טענות כי גינת הציע לו לערוך תחקיר על המשנה ליועץ המשפטי לממשלה, דוידה לחמן-מסר, שהובילה את חקיקת חוק הבעלויות הצולבות, ועל סנדו מזור, שחקר את גינת כשהיה ראש אגף החקירות במשטרה.
העימות הקשה ביותר בין בכר לגינת, שהוביל בסופו של דבר לפיטורי עורך "7 ימים", נגע לתחקיר שהכינו במוסף על אלי לנדאו. בתצהיר שהגיש, בכר סיפר כך: "בחודש יולי 2005 ביקשתי לפרסם תחקיר בעניינו של מר אלי לנדאו, יו"ר דירקטוריון חברת החשמל היוצא. ערב פרסום התחקיר עיין בו גינת והודיע לי כי אינו מאשר את פרסומו".
לנדאו, כך הסביר בכר כמה שנים לאחר מכן בראיון לסרט "שיטת השקשוקה", היה חבר קרוב של גינת, עובדה שלדבריו השפיעה על שיקול דעתו המקצועי של העורך הראשי. לדברי בכר, הלחץ מצד גינת החל מיד לאחר שבמערכת "7 ימים" פנו אל לנדאו כדי לבקש תגובה לממצאי התחקיר. בתוך כמה דקות קיבל בכר פנייה מגינת, שאמר לו כי לנדאו מבקש שהתחקיר לא יפורסם לפני מינויו הצפוי לתפקיד יו"ר רשות השידור.
בהמשך, כך לפי כתב תביעה שהוגש בשמו של בכר לאחר פיטוריו, גינת דרש ללא הרף לראות את הכתבה על לנדאו ו"דקות מספר אחרי ש[גינת] קיבל לידיו את טיוטת הכתבה, הוא התקשר אל התובע, הודיע לו שקרא את הכתבה עד מחציתה, ומדובר ב'חרא של כתבה'".
רק בעקבות פנייה ישירה של בכר למו"ל ארנון (נוני) מוזס פורסם בסופו של דבר התחקיר, אך מהלך זה, לדברי בכר, הוביל את גינת לחפש כל תירוץ כדי לגרום לסילוקו מן העיתון. גינת, מצדו, הכחיש מכל וכל את טענות בכר, הדגיש כי התחקיר על לנדאו פורסם בסופו של דבר, והוסיף כי ההסתייגות ממנו נבעה ממניעים מקצועיים בלבד. התביעה, יש לציין, לא הוכרעה ונמחקה בהסכמת הצדדים חודשים אחדים לאחר שהוגשה.
בכר לא היה היחיד שהתבטא בגלוי נגד האופן שבו ערך גינת את "ידיעות אחרונות". איציק סבן, כיום כתב "ישראל היום", דיווח בעבר על הלחצים שהופעלו עליו ככתב משטרה בזמן סיקור פרשת חיים רמון. בין היתר, בתקופה שגינת ערך את "ידיעות אחרונות", הוחתם סבן בניגוד לרצונו על ידיעה שלא כתב ואשר נועדה לתקוף את ניצב יוחנן דנינו, שכיהן אז כראש אגף החקירות במשטרה.