במהלך טקס חלוקת הפרס הישראלי לביקורת התקשורת לשנת 2009, מטעם האגודה לזכות הציבור לדעת, עלו קולות מחאה חריפים על האופן שבו התקשורת הישראלית מציגה את הסכסוך הישראלי-ערבי, לצד קריאה לבחינת גבולות חופש הביטוי בישראל.

"לפעמים נדמה לך שהתקשורת משרתת עם אחר", אמר המשורר ארז ביטון, חבר נשיאות האגודה. "התקשורת היא לא רק פריבילגיה, היא חובה", הוסיף, והסביר: "לפעמים התקשורת שוכחת שאנחנו מחויבים לאתוס. אנחנו לא ככל העמים, אנחנו עדיין בתהליך של עיצוב של עם". ביטון התייחס בדבריו באופן ספציפי לפרסומים האחרונים בעיתונות הישראלית על התנהלות מחפירה של חיילי צה"ל בזמן מבצע "עופרת יצוקה", כגון ירי באזרחים, וביקר את "חוסר הפרופורציה" שבאופן הצגתם.

לדברי ביטון, אמצעי התקשורת נוטלים "איזושהי אינפורמציה זניחה של מישהו שנדמה למישהו שעשה משהו בעזה, והופכים את זה למרכז, לחזות הכל, כאילו זו אמת לאמיתה, וזוהי איננה האמת לאמיתה. כתוב בעיתון. שמעתי ברדיו. האדם מהשורה מאמין לתקשורת, בוטח בתקשורת, ועד שהוא למד לאט-לאט שצריך לפענח את התקשורת ולהבחין בין התבן לבין הבר, לוקח לו הרבה זמן".

אוריאל לין (מימין) מעניק את הפרס לעיתונאי מוטי בסוק

נשיא איגוד לשכות המסחר, אוריאל לין, שהעניק את הפרס לתקשורת כלכלית איכותית לעיתונאי מוטי בסוק מ"הארץ"–"דה-מרקר", טען שהגיעה העת "להעלות שאלה רצינית ונוקבת: מה הם גבולות חופש הביטוי בישראל".

גם לין כיוון בדבריו לפרסום עדויות חיילי צה"ל בימים האחרונים. "חופש הביטוי", אמר לין, "הופך להיות למכשיר שכל פטפוט, כל אִמרה בלתי יסודית, בלתי מבוקרת ובלתי נבדקת נגד מדינת ישראל, באישומים כאילו חיילים של צה"ל הרגו במתכוון אזרחים בעזה, הופכת בתקשורת לכתב אישום נחרץ נגד המדינה שלנו, כשכולנו מבינים מה יעשו בזה האויבים שלנו".

ד"ר דוד צנגן, שזכה בפרס לביקורת התקשורת של האגודה על מאבקו בסרט "ג'נין ג'נין" של מוחמד בכרי, פנה מעל במת האירוע לעיתונאים בדרישה לחתור לחשיפת האמת בדיווחיהם. "אתם יודעים שיש דברים שהם לא נראטיב", אמר ד"ר צנגן, וכיוון לעדויות שנשמעו לאחר מבצע "חומת מגן" והתבררו מאוחר יותר כלא נכונות. "אם בית-חולים עומד, הוא עומד, הוא לא הרוס. אם לבנאדם אין כדור ברגל, אז אין לו, ולא להגיד שיש לו ושזה הנראטיב שלו", אמר ד"ר צנגן.

נשיא האגודה לשעבר, ח"כ ד"ר יובל שטייניץ, הצטרף לקריאות לשינוי הטון בתקשורת והטיף לתקשורת "אמיתית, מאוזנת, ביקורתית, ולצד הביקורתיות גם לאומית, כי זה צו השעה". שטייניץ הוסיף כי בשנים האחרונות הוא נוכח לראות שחל "תהליך הדרגתי של שיפור" בתקשורת הישראלית, שלדבריו, נוטה פחות מבעבר לחד-צדדיות.