בחדשות 12 הוסיפו הבהרה לדיווח על ארגון שוברים-שתיקה בעקבות תלונה למועצת העיתונות. הדיווח, של הכתב עופר חדד, שודר במרץ 2016 במהדורה המרכזית תחת הכותרת "בלעדי: כך אוסף ארגון שוברים-שתיקה מידע מסווג על פעילות צה"ל". את המידע והתיעוד שעמד בבסיס הדיווח אסף ארגון הימין עד-כאן באמצעות "שתולים" מטעמו – פעילים שנפגשו עם אנשי שוברים-שתיקה ותיעדו אותם באמצעות מצלמה נסתרת.
בכתבה של חדשות 12 (אז חדשות ערוץ 2) תוארו פעילי השמאל כבוגדים בפוטנציה. "אם את החומר הזה, כמו שהוא, לוקחים ומעבירים לגוף אחר, למדינה אחרת, זה בעגה המקצועית חשד לריגול", אמר ח"כ אבי דיכטר, ראש השב"כ לשעבר, שצפה בחומרים והתייחס אליהם בכתבה. חדד עצמו סיכם את הכתבה בקביעה שלפיה בשוברים-שתיקה יצטרכו להסביר "איך הפך ארגון שמבקש לדאוג למוסריות של צה"ל לגוף שמחזיק בידיו כמויות של מידע בטחוני מסווג".
הפרסום עורר שורה של גינויים מפי פוליטיקאים בכירים – בראשם ראש הממשלה בנימין נתניהו ושר הביטחון דאז משה יעלון, שהורה לצה"ל לפתוח בבדיקה נגד פעילי שוברים-שתיקה. "כשחברי הארגון הזה אוספים מידע על צה"ל, מדובר בעבירת ביטחון", אמר יעלון בראיון רדיופוני שצוטט באתר mako, והוסיף: "אם המידע הזה נמסר גם לאויב – זו בגידה, אך עצם העובדה שהוא נאגר זו עבירת בטחון מידע".
בעקבות הכרעת היועמ"ש פנו בשוברים-שתיקה לחדשות 12 ודרשו לפרסם דיווח על ההחלטה שלא לפתוח בחקירה. הדרישה הסתמכה על סעיף בתקנון האתיקה שלפיו כשכלי תקשורת מדווח על חשד פלילי ולאחר זמן מה מוּסר החשד – המעשה הראוי הוא לדווח על כך
הבדיקה הצה"לית נסגרה תוך זמן קצר, וכך גם ככל הנראה בדיקה נוספת שביצע השב"כ. במקביל, בארגון עד-כאן פנו למשטרה ולפרקליטות בדרישה לפתוח בחקירה פלילית.
הדרישה של עד-כאן נדחתה – אך בארגון ערערו על ההחלטה ועתרו לבג"ץ. בפברואר 2019, שלוש שנים אחרי שידור הכתבה, קבע סופית היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט שאין מקום לפתוח בחקירה נגד שוברים-שתיקה. בעקבות הכרעת היועץ המשפטי פנה ארגון שוברים-שתיקה לחברת החדשות, ודרש מאנשיה לפרסם דיווח על ההחלטה שלא לפתוח בחקירה. הדרישה הסתמכה על סעיף בתקנון האתיקה של מועצת העיתונות שקובע שכאשר כלי תקשורת מדווח על חשד פלילי ולאחר זמן מה מוּסר החשד, המעשה הראוי הוא לדווח על כך.
בחברת החדשות סירבו בנימוק טכני: הם אמנם דיווחו על החשדות ועל הבדיקה הצה"לית, אבל לא על ההליכים של אנשי עד-כאן. "מי שמצפה להתנצלות כלשהי שיתקדם", צייץ חדד בחשבון הטוויטר שלו. "מעולם לא האשמנו את הארגון בפרסום או מסירת מידע רגיש לשום גורם עוין. חלילה. הצגנו איסוף מידע בטחוני מסווג שלא ממש נגע לזכויות אדם ושאלנו לשם מה, ומה נעשה עם המידע".
בעקבות הסירוב החליטו בשוברים-שתיקה להגיש תלונה למועצת העיתונות, וב-31 בדצמבר 2019 הופיעו הצדדים בפני בית-הדין לאתיקה של המועצה. את חדשות 12 ייצג היועץ המשפטי עו"ד ישגב נקדימון, ואת שוברים-שתיקה עורכי-הדין מיכאל ספרד ואלון ספיר. שבועיים לאחר מכן, לפני שהתקבלה החלטה בעניין, הודיעו הצדדים כי הגיעו לפשרה מחוץ לכותלי בית-הדין: בחדשות 12 לא יפרסמו דיווח חדש, אבל יוסיפו לכתבה הארכיונית של חדד עדכון על ההחלטה לא לפתוח בחקירה נגד שוברים-שתיקה.
בית-הדין נתן תוקף של החלטה להסכמת הצדדים, וזמן לא רב לאחר מכן מילאה חברת החדשות את חלקה בהסכם. "הפרקליטות קבעה כי לא הובאה בפניה כל ראיה המעידה על ביצוע עבירה פלילית על-ידי ארגון שוברים-שתיקה", נמסר כעת בכותרת המשנה של הכתבה. בהמשך מובהר, בין היתר, כי "לא הובאה בפני הפרקליטות כל ראיה שלפיה שוברים-שתיקה פרסם מידע מסווג ורגיש, או לכך שהארגון העביר מידע שכזה למדינות או לגופים זרים".
עופר חדד וחדשות 12 בחרו שלא להגיב לדברים.